Əfəndiyev Gertsen adına Leninqrad Dövlət Pedaqoji İnstitutunu bitirib. 20 ildən artıq müddət ərzində Narva muzeyinin (1979-1999 və 2001-2002-ci illərdə) direktoru olub. 1999-2000-ci illərdə Narva şəhərinin meri, 2002-2003-cü illərdə əhalinin məskunlaşması işləri üzrə nazir olub. 2004-cü ildən bu günədək Estoniya parlamentinin X və Xİ çağırışlarının deputatıdır.
O həmçinin Narva Humanitar Gimnaziyasının Qəyyumlar Şurasının üzvü, Pro Narva Mərkəzi İdarəsi Şurasının üzvü, Avropa Azərbaycanlıları Konqresinin birinci vitse-prezidenti, Dünya Azərbaycanlıları Konqresinin İdarə Heyətinin üzvü, “Aleksandr kilsəsi”nin Şura üzvüdür.
Eldar Əfəndiyev Estoniyanın 4-cü dərəcəli Dövlət Gerbi ordeni, sərhədyanı əməkdaşlıqda xidmətlərinə görə 3-cü dərəcəli Xaçla, Azərbaycan Respublikasının Birlik Ordeni və digər medallarla təltif olunub.
